In der vhost einen Eintrag vornehmen nach folgender logik
ScriptAlias /unterverzeichnis/cgi-bin/"/wohin-absoluter-pfad/cgi-bin/"

Ich bin mir aber nicht sicher, ob das überhaupt geht, in einen anderen Webspace so mir nichts Dir nichts einzugreifen, wenn Du, wie ich vermute, mit SuExec oder SuPHP die Webbenutzer voneinander "abschirmst".
Ansonsten lege das Script außerhalb der Webservers in ein Verzeichnis auf dem Server ab.

jay-ar