Bei Servern, ich gehe von einem Linux Server aus, hast du mit htop, atop, oder top gute Beobachtungsmöglichkeiten was die Last angeht. Wichtig ist bei dem Aspekt die load average. Diese sollte im Schnitt nicht höher sein als Kerne im System vorhanden sind. Eine hoher Wert kann mehrere Faktoren haben und die Ursache bei unterschiedliche Segmenten liegen. Eine load average gibt im groben Sinne an, wie viele Task/Prozesse in der Warteschleife stehen bevor sie abarbeitet werden können. Ursachen können sein.
Netzwerküberlastung (häufig bei Radio Streams)
Festplattenüberlastung (zu viele Schreib und Lesezugriffe, manchmal bei Chats, Foren, Shops(Suche) oder bei Backups der Fall)
CPU (meist durch "schlechte" Scripte, Stichwort dynamische Webseiten)
RAM (wenig zugewiesen und daher schlechtes Caching was Festplattenzugriff und dann meist CPU Last erhöht)

Es gibt eine Menge an Werkzeugen, wie man das verbessern kann. Jedoch muss die Ursache dafür gefunden werden.
Ich würde, sowie ich die Shops kenne, mit mysql_slow_query anfangen und nebenbei auf der Konsole mit htop die Prozesse und atop -d die Festplatten überwachen.
htop und atop sind Progamme und
mysql_slow_query ist eine Einstellung im MySQL Server (my.cnf) Anleitung hier
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/...query-log.html
Probiere es am Anfang mit 3 Sekunden long_query_time und gehe runter bis auf 1.
Meine Vermutung ist die Suchanfrage. Alle größeren Shops auf XT:C Basis die ich kenne haben dort die Schwachstelle.

Bitte bei allen daran denken, wenn der User nicht innerhalb kurzer Zeit ein Ergebnis präsentiert bekommt, dann adrückt er nicht selten wiederholt auf den Suchen Knopf oder Aktualisiert die Seite im Browser, und macht es noch schlimmer. In dem Moment schaut ein Suchmaschinen Crawler vorbei und bekommt erst nach "langer" Wartezeit den Inhalt gespidert. Das man da nicht in den Serps ganz vorn mitmischen wird, ist logisch.

mfg
jay-ar