Normalerweise solltest du die exportierte CSV auch wieder importieren können.
Habe beide Dateien gerade mal bei mir verglichen und sehe keinen besonderen Unterschied.
Ich kann mich jedoch daran erinnern, dass ich bei der ersten Shopeinrichtung ähnliche Probleme hatte.
Die Einstellungen habe ich dann wie folgt geändert:

Texterkennungszeichen = keins
Trennzeichen = |
Zeitlimit = 28
Standardaktion = ignore

Seitdem funktioniert der Import einwandfrei!