Hallo Klaus, das muss es dann wohl gewesen sein. Ich habe die Updates mit einem (vielleicht unnötigen) Zwischenschritt von 4.0.x auf 4.2.x auf 4.3.x auf 4.4.0.3 eingespielt.
Die großen Ordner wie 'vendor' habe ich einzeln hochgeladen, um sicherzugehen, dass nichts fehlt, keine timeouts usw. dazwischenkommen. Damit liefen die Updates dann alle durch.

Die Probleme bei den jeweils 'ersten' Versionen der Updates, die damals sicherlich nach ein paar kleineren bugfixes behoben wurden, waren im letzten Stand dann weg.

LG Alex
endlich Wochenende