Das sind ja keine Fehlermeldungen, sondern nur Warnungen. Und die sind erstmal eher uninteressant, solange der Shop tut, was er soll.
Ich vermute mal, dass bei einem der letzten Updates nicht alles hochgeladen wurde. Den gleichen Fall mit den selben Warnungen gab es hier schonmal. Schuld war ein unvollständig aktualisierter Dateimanager.

Wenn du deine Updates auf die gleiche Weise hochlädst, wie du auch deine Shops installiert hast, würde mich das nicht wundern. Du hast deinem Shop im Verzeichnis /Shopsystem/Dateien/ installiert. Warum auch immer
Wenn du die Update-Dateien nun ebenfalls mit diesem Verzeichnis hochlädst, wird die zulässige Zeichenlänge von 255 Zeichen an manchen Stellen überschritten, sofern du einen Windows-PC verwendest. Dann wird schlicht nicht alles hochgeladen.