M.E. kann es nur an deinem System (Server, PC, XAMPP, whatever) liegen.
Der Updater enthält seit Version 3.15.4.1 keine Anweisung die für das Löschen der layout_footer_links.html verantwortlich wäre.
Außerdem ist das von dir geschilderte Problem weder im Gambio-Forum noch im Bug-Tracker in irgendeiner Form dokumentiert. Zumindest habe ich nix gefunden.
Ich selbst installiere und warte das Gambio Shopsystem übrigens fast täglich im Kundenauftrag und mir ist dieses Problem noch nicht untergekommen.

Die Downloadpakete kommen übrigens 1:1 von Gambio und stehen hier bzw. auf meinem Server zum Download bereit. Es spielt also keine Rolle ob ein Downloadpaket aus dem Gambio-Forum oder hier aus dem Downloadbereich oder von mir persönlich geliefert wird. Es ist und bleibt ein und dasselbe Archiv!

Vielleicht schmeißt dein Virenscanner die Datei raus, oder wer auch immer. Der Gambio-Updater tut das sicher nicht. Auch das Cache-System kümmert sich ausschließlich um eben gecachte Dateien.

Die Längenbegrenzung via GPO oder Registry aufzuheben bringt zudem nichts, wenn dein Testshop auf einem dedizierten NAS-System liegt. Ein NAS nutzt je nach Hersteller und Konfig ein eigenes Datei- und Betriebsystem. Außerdem lassen sich viele Programme gar nicht von den lokalen Gruppenrichtlinien beeindrucken. Allerdings kann die Längenbegrenzung wohl doch nichts mit deinem Problem zu tun haben. Es gibt zwar mehrere layout_footer_links.html, allerdings gibt es noch wesentlich längere Pfade. Der Shop würde würde gar nicht funktionieren.