Artikel und Kategorien werden unter Kategorien / Artikel >>> Status aktiviert/deaktiviert. Nur durch Updates wird da aber eigentlich nichts deaktiviert!
In welcher Reihenfolge hast du die Updates von 3.04 auf 3.11.2 gemacht?
Hast du auch die .htaccess erneuert?
Link zu deinem Shop? Der mir bekannte Link ist überhaupt nicht erreichbar!